Озонът се използва основно като дезинфекциращо средство. Той е мощен окислител и има голямо приложение във водоподготовката, включително за окисляване на органиката.

Ефективността на озонирането зависи от достигането на необходимата концентрация за даден контактен период. За непречистената вода са необходими големи дози озон, тъй като озонът се изразходва и за органиката от природен произход. Озонът реагира с природната органика, като увеличава нейната способност към биологично разлагане.